Monokot bitkilere gen aktarımı, pek çok bilimsel çalışmada önemli bir zorluk teşkil etmektedir. Bu zorluğun temel nedenleri aşağıda özetlenmiştir:

1. Doku Kültürü ve Rejenerasyon Güçlüğü Monokotlarda in vitro koşullarda doku kültürü ve bitki rejenerasyonu, dikotlara kıyasla daha zordur. Rejenerasyon kapasitelerinin sınırlı olması, genetik olarak modifiye edilmiş hücrelerin tam bitkiye dönüşümünü güçleştirmektedir.

2. Agrobacterium ile Transformasyonun Düşük Verimliliği Agrobacterium tumefaciens, dikot bitkilerde gen aktarımı için yaygın ve etkin bir araç olmasına rağmen, monokotlarda doğal enfeksiyon ve gen transferi oranları oldukça düşüktür. Bu durum, monokot hücre yapısı ve savunma mekanizmalarının Agrobacterium'a karşı daha dirençli olmasından kaynaklanmaktadır.

3. Hücre Duvarı Özellikleri ve Savunma Mekanizmaları Monokot hücre duvarlarının kimyasal bileşimi ve yapısal sertliği, DNA’nın hücre içine girişini ve yabancı genlerin entegrasyonunu sınırlayan önemli bir bariyer oluşturmaktadır.

4. Genom Karmaşıklığı Bazı monokot türlerinin, özellikle buğday gibi, büyük ve karmaşık genom yapısı, hedef genlerin belirlenmesini ve düzenlenmesini zorlaştırmaktadır.

Sonuç olarak, monokot bitkilere gen aktarımı;

Rejenerasyon güçlükleri, Agrobacterium transformasyonunun düşük etkinliği, Hücre duvarı ve savunma engelleri, Genom karmaşıklığı

nedeniyle zorluklar içermektedir. Bu problemlerin aşılması için biyoballistik (altın taneciklerle DNA atımı) gibi alternatif yöntemler ve optimize edilmiş Agrobacterium teknikleri geliştirilmiştir.