Prokaryotiklerin DNA’ları başlıca 3 topolojik formda bulunmaktadır.

1. Linner dubleks DNA formu: Bazı fajlarda (lambda, T2, T4, T6, T1, T3, vs.) ve virüslerde (adenoviridae, herpetoviridae, vs.) genetik materyali oluşturan sarmal DNA iki ucu açık lineer bir formda bulunur.

2. Sirküler dubleks DNA formu: Bakteriler, bazı fajlar (PM2 vs.), virüsler (papovaviridae, hepadviridae, vs,) ve plazmitlerin DNA’ları çift iplikcikli sarmal sirküler bir karaktere sahiptir.

3. Süper sarmal DNA formu: Fajlarda, plasmid ve virüslerde daha fazla rastlanılan form, dupleks sarmal DNA’nın serbest ortamda kendi ekseni etrafında 360 derece ve birkaç kez dönmesinden kaynaklanmaktadır.

Şekil 1. DNA formları

1. Süper sarmal DNA formuna daha ziyade sirküler DNA’larda fazlaca rastlanılmaktadır. Süper heliks formları önceleri küçük DNA moleküllerinin (virüs, faj, plazmit, mtDNA, vs.) özel bir karakteri olarak düşünülmüştür. Bazı araştırmacılar da, DNA izolasyonları sırasında oluşan artifakt’lar olarak kabul etmişlerdir. Bu gün ise, bu formların, prokaryotik hücrelerin DNA’larının öenmli bir karakteri olduğu, replikasyon, transkripsiyon ve rekombinasyon fonksiyonlarının bulunduğu anlaşılmıştır.
2. Süper sarmal DNA, ya sola dönüşlü pozitif süper sarmal veya sağa dönüşlü negatif süper sarmal formda bulunabilir. İn vivo koşullarda ise daha ziyade negatif süper sarmal’a rastlanılmakta ve DNA üzerine de torsiyonal (bükme, bükülme) bir stres yaratarak açılmasını kolaylaştırmaktadır. Buna karşın, pozitif süper sarmal daha sağlam ve sıkı yapısal bir özellik taşımaktadır. Bir DNA’da, çok sayıda sarmal oluşabilir. Aynı zamanda, süper sarmal form, DNA’nın santrifüjde daha çabuk çökmesini de sağlar.

Şekil 2. DNA formları ve enzimlerin işlevleri

Kaynaklar:

• DNA-1
• DNA-2