Endojen U6 promotörü normalde U6 RNA’nın (splicing işlemine katılan küçük bir nükleer RNA (snRNA)) ekspresyonunu kontrol eder ve iyi karakterize edilmiştir.

Memeli hücrelerinde shRNA moleküllerinin vektör bazlı ekspresyonunu kontrol etmek için kullanılmaktadır. Aynı zamanda bu promotör RNA Polimeraz III tarafından tanınır ve yüksek seviyede eksprese edilir. shRNA’nın sürekli ekspresyonunu (constitutive expression) sağlar.

Promotorün bu özelliklerinden yararlanarak gen mühendisliği çalışmalarında RNA eksprese etmek istenilen plazmitlerde U6 promotorü tercih edilemektedir. Örnek olarak CRISPR teknolojisinde gRNA üretmek için kullanılan plazmitler verilebilir (Şekil 1).

Şekil 1. U6 promotörü altında sgRNA plazmiti örneği

U6 promotörü, çoğu memeli hücre tipinde aktiftir. Promotör, shRNA’nın ekspresyonunu kontrol etmek için gerekli olan tüm elementleri transkripsiyon başlangıç bölgesinin (transcription start site) yukarısında (upstream) bulunduran RNA Polimeraz III promotörüdür. 7SK ve H1 promotörleride RNA polimeraz III’ün bağlandığı ve eksprese ettiği promotörlerdir. U6, H1 ve 7SK promotörleri RNAi uyugulamasında short hairpin RNA (shRNA) ve CRISPR-Cas9 genom uygulamalarında gRNA için kullanılabilir.

Kaynaklar:

• Gao Z, Herrera-Carrillo E, Berkhout B. RNA Polymerase II Activity of Type 3 Pol III Promoters. Molecular therapy. Nucleic Acids. 2018 Sep;12:135-145. DOI: 10.1016/j.omtn.2018.05.001.
• U6 promotör-1
• U6 promotör-2