CRISPR/Cas9 sistemi en basit ve en verimli gen düzenleme yöntemi olduğu kanıtlanmıştır. Bu nedenle, şu anda en çok kullanılan gen düzenleme yaklaşımıdır. CRISPR teknolojisinin gelişmesiyle beraber bir çok internet sitesi ve yazılım spesifikliği ve etkinliği arrtırmak için geliştirilmiştir. Bu internet sitelerinden yapacağınız çalışmalara (aktivasyon, baskılama, susturma) göre gRNA tasarlayabilirsiniz. Bu sitelerden bazıları şunladır;

• CHOPCHOP
• CRISPRscan
• ZhangLab
• ZiFiT (Zinc Finger Nucleases, TALE Nucleases, CRISPR)
• GPP sgRNA Designer
• Benchling
• ATUM
• Synthego (sadece Knockout için)
• Horizon (Knockout veya konuma özel HDR aracılı genom düzenleme için)
• GenScript gRNA Design Tool

sitesinden tasarladığınız Cas9 RNA güdümlü endonükleazların potansiyel hedef dışı bölgelerini araştırabilirsiniz.