Shotgun dizileme, bir organizmanın genomunun DNA dizisini belirlemek için kullanılan bir laboratuvar tekniğidir. Yöntem, genomun ayrı ayrı dizilenecek küçük DNA fragmanları topluluğuna bölünmesini içermektedir. Bir bilgisayar programı küçük parçalara bölünen DNA dizilerinde örtüşmeler arar ve bunları, genomu yeniden oluşturmak için tek tek doğru sıraya koymak için kullanır (Şekil 1).

Şekil 1. Shotgun dizileme yönteminin basit bir şeması

Büyük bir DNA parçasını sıralamanın en etkili yolu, Shotgun dizileme yöntemidir. Bunun için, başlangıç DNA’sı rastgele bir şekilde Shotgun (av tüfeği) tarzında birçok küçük parçaya bölünür ve bu parçaların her biri daha sonra ayrı ayrı dizilenir. Farklı parçalardan dizilenmesiyle üretilen sonuç dizi okumaları daha sonra bir bilgisayar programı tarafından analiz edilir ve birbiriyle özdeş olan farklı okumalardan dizi uzunlukları aranır. Özdeş bölgeler belirlendiğinde, iki sekans okumasının birbirine eklenmesine izin verecek şekilde birbirleriyle birleştirilirler. Bu bilgisayar işlemi defalarca tekrarlanır ve sonunda DNA’nın başlangıç parçasının tüm sekansını verir (Şekil 1). DNA’nın rastgele parçalanması ve okunması bu yaklaşıma “Shotgun dizilemesi” adını vermiştir.

Kaynakça:

• Shotgun Sequencing